位處日本的冬木市，作為一級靈地而在魔術世界廣為人知，然而比較少人知道的是，埋藏在冬木地下的萬能願望機「聖杯」。
聖杯－－不，應該稱它為第三法－－天之杯「Heavens Feel」，在兩百餘年前被艾因茲貝倫、遠坂、馬基里三個魔道名家以冬之聖女莉姿萊希．羽斯媞薩．馮．艾因茲貝倫為首，於冬木市地下召喚出大聖杯的魔法陣，從此展開了被稱為「聖杯戰爭」的儀式，召喚出在各個時間點、在歷史上畫下一抹絢爛色彩而被廣泛視為英雄的，位居英靈之殿的英靈們做為從者「Servant」，與在魔術界生存的，被聖杯認可的魔術師做為御主「Master」，統御著各自的從者爭奪萬能許願機的儀式。
於是從冬木開始，展開了許許多多的故事，不一樣的羈絆，不一樣的戰爭，相同的血腥－－
於聖杯戰爭原點的冬木，由七組人馬各自猜忌、殺戮，以英靈之魂做為能量填充大聖杯，以達到根源的第三法儀式，卻在某次戰爭中被規格外英靈Avenger所汙染，散發出詛咒世界的黑泥，被稱為黑聖杯戰爭。
在平行的時空中，在大氣中的大源魔力馬那「Mana」枯竭的世界下，利用數據化的靈魂「靈子」進入靈子虛擬世界「SE．RA．PH．」爭奪太陽系最古之物「Moon CELL Automaton」的月聖杯戰爭。
位於第三次聖杯戰爭後的某一平行時空，魔術師協會時鐘塔與聖堂教會的聯合戰線「紅」與脫離魔術師舊有體制並與之敵對，自稱千界樹一族的「黑」兩方，十四組人馬與「Ruler」展開的亞種聖杯大戰。
以及另一個平行的時空，少女們利用被稱為萬花筒之杖的魔術禮裝成為魔法少女，利用寄宿英靈之力的階級卡之力量奮戰，尋求和平的戰鬥。
在不同的世界所展開的數個故事熱烈的進行著，隨著戰事的一一結束，少年少女們所希冀的「希望」正逐漸到來著。
但－－事實真的是如此嗎？
在冬木市第五次聖杯戰爭以名為衛宮士郎的少年取得勝利，大聖杯也被破壞約三年之後，在冬木的地下發生了一場地震，雖然沒有造成災情，但基於此地乃靈地，又是曾引發聖杯戰爭、觸發第三法的高風險地帶，冬木的管理者，遠坂家現任當家遠坂凜還是聯合了衛宮士郎、間桐櫻等魔術師夥伴四處檢查了下，在沒有發現異狀的情形之下不再理會。
然而，他們都忽略了一件事，那就是這場地震的震央在柳洞寺地下－－大聖杯最初召喚的地點，可說是當今與根源最接近之處－－，地震的能量促使根源的力量稍微的洩漏，殘存與此的第三法碎片與第五次戰爭時留下的第二法痕跡被根源的力量影響著，使其與無數的平行時空共鳴著，最終造成連結根源之處「破」了一個小洞，大量的魔力不斷從洞中流出，殘存的兩大法受到這魔力滋養而復甦，剩餘的魔力甚至引發了剩下的三大法，五大法就這麼被壟罩在根源之中，終於誕生了「超越抑止力的真正奇蹟」，獲得了「自我」。
獲得自我的五大法重新引發了新的「聖杯戰爭」，並將其他平行時空的人們也牽扯進來，其中也有著同樣面貌，經歷卻完全不同的人被拉進來，無數聖杯戰爭的參與者再次被叫回到聖杯戰爭的戰場，這次等待著他們的，是如何的「未來」呢？
「－－來吧！這次，讓我們把『根源』當做真正的『聖杯』爭奪著吧！」
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「請多多指教，我是這場『源聖杯』戰爭的五位監督者之一，你們所說的『第三法』……嘖、看你們好像還一副傻傻的樣子，好吧，我在來更詳盡的解說這場聖杯戰爭的規則好了。」
【主線模式】
「2013年10月1日，冬木的地下發生了一場地震，使得根源的魔力外露，全新的聖杯『源聖杯』登場，就在魔術界全體震驚且準備再展開新的聖杯戰爭之時，事情卻產生了變故－－『源聖杯』竟賦予五大法意識，呼喚其他平行世界中聖杯戰爭的參與者過來，並給予他們令咒……」
以這場「源聖杯戰爭」做為主軸所進行故事，在主線模式下每周都會有本團ＮＰＣ發下的提示，角色們會根據這些提示進行主線故事，創造出這場聖杯戰爭的脈絡，主線如同原作一樣分為數線，底下一一介紹。
Restart Fate，簡稱RF線，以衛宮士郎與阿爾托莉亞做為主角的一線，故事的發展是基本的聖杯戰爭以及御主跟從者的關係建立。
Dream in the Moonlight，簡稱DM線，以瑟薇爾、岸波白野、尼祿、無銘、玉藻前為主角的一線，靈子駭客的技術在這個馬那充斥的世界下爆走，並連上了源聖杯的意志，以阻止大災難的目的進行戰爭。
Time Locus，簡稱TL線，以獅子劫界離、莫雷莫德為主角的一線，混亂的戰爭已經開戰，但出現在獅子劫面前提出挑戰的竟是本次聖杯戰爭參加英靈「不同時期」的模樣！？少女時的「莫雷莫德」帶著英靈們的「分身」向本尊挑戰，為了應付這種情況，黑與紅雙方被迫暫時合作。
Infinite Loop，簡稱IL線，以伊莉亞、美遊、克洛伊為主角的一線，由於這世界沒有階級卡的概念，使得卡片中的英靈大爆走！在階級卡的強大力量之下，由魔法少女們出面迎戰，把這些屬於他們的卡片奪回來。
Fade Fake，簡稱FF線，定位類似於原作的HF線，將解釋源聖杯背後的「重大秘密」，以阿爾托莉亞、高文、莫雷莫德三位劍士的戰鬥開場，三人同時身受另外兩人的寶具而無法再戰，在源聖杯回收靈體時，他們身上殘存的三個聖杯之力產生了衝突，造成三人復活，同時源聖杯爆走，將其他平行世界中的「源聖杯戰爭」戰敗英靈黑化的意外，為了阻止黑化英靈與源聖杯爆走而全員聯手阻止這一切，此線為源聖杯戰爭真正的一線。
【支線模式】
「『源聖杯戰爭結束，短時間內應該是不會再發生什麼大事……吧？』戰爭結束後，因根源之力復原的參加者們這樣的想著回到原本的世界，沒想到獲得自我的五大法由於沒有過節的經驗，每逢節日就興奮異常，把源聖杯戰爭的參加者再次聚集過來，要求他們陪五大法們過節，參加者面面相覷，但是除了照做也沒有其他辦法了吧……」
也就像是其他角噗團在逢年過節時都會辦一些主題活動一樣，為了滿足心智不成熟的五大法、咳嗯，是為了有愉快的過節氣氛，本團偶爾也會辦點活動。
【一般模式】
「源聖杯戰爭已然結束，被從根源之中產生的，全新的魔法給結束了，在這新的魔法加持下，聖杯戰爭的參加者們復原了身體被送回原世界，雖然各個世界之間的牆還是很薄弱，隨時可以穿越，不過這次，和平總算是降臨了。」
以聖杯戰爭安然結束的世界觀進行各種日常或劇情，本團的基本模式，在非主線或支線下一律以這種模式進行。
